Você pode fazer isso em Python assim:
#!/usr/bin/env python
from gi.repository import Unity, GObject
launcher = Unity.LauncherEntry.get_for_desktop_id ("notify-osd.desktop")
def do_urgency():
urgent = launcher.get_property("urgent")
launcher.set_property("urgent", not urgent)
return True
GObject.timeout_add_seconds(1, do_urgency)
GObject.MainLoop().run()
Infelizmente, a documentação da API do iniciador Unit7 não parece mais estar online (ou menos, não consigo encontrá-lo agora).