Se não me engano, o FortiClient é compatível tanto com o VPN IPsec quanto com o SSL VPN do FortiGate.
Para a VPN IPsec do FortiGate, você pode tentar o network-manager-vpnc.
Para o FortiGate SSL VPN, você pode tentar o network-manager-fortisslvpn.
O network-manager-l2tp é um cliente L2TP VPN com suporte a IPsec IKEv1 opcional e é diferente do IPsec do FortiGate que não usa L2TP.