Isso não deve ser um problema. Unison está excluindo folderA porque você, depois de dizer ao Unison que folderA e folderB devem ser sincronizados, excluiu folderB , então é claro que o Unison quer excluir folderA para manter as coisas sincronizadas. Mas você disse que os casos em que folderB não existe estarão em novos sistemas que, eu presumo, você não sincronizou com folderA antes (então não há arquivos arquivados para este par de raízes). Então quando você corre
unison -auto -batch -prefer newer folderA folderB
onde folderB não existe, o Unison deve criar folderB .