Isso não deve ser um problema. Unison está excluindo folderA
porque você, depois de dizer ao Unison que folderA
e folderB
devem ser sincronizados, excluiu folderB
, então é claro que o Unison quer excluir folderA
para manter as coisas sincronizadas. Mas você disse que os casos em que folderB
não existe estarão em novos sistemas que, eu presumo, você não sincronizou com folderA
antes (então não há arquivos arquivados para este par de raízes). Então quando você corre
unison -auto -batch -prefer newer folderA folderB
onde folderB
não existe, o Unison deve criar folderB
.