tl; dr
ls *.pdb | sort -k 1.20g
(Sim, eu sei isto e mais; veja a seção de armadilhas abaixo).
Lógica de classificação
Uma classificação numérica geral ( sort -g ) é a que você quer, mas você deve especificar onde os números começam.
Seus exemplos são da seguinte forma:
adenine-N1_B+1,70_A-15,00.pdb
^ the number starts here: character 20, always
Não há espaços em branco, portanto, sort simples considera o nome do arquivo inteiro como sendo apenas um campo. Você precisa de uma classificação numérica geral que funcione a partir do 20º caractere do 1º campo:
sort -k 1.20g
Você pode querer introduzir uma lógica mais complexa para isso. Por exemplo. se uma das entradas for bogonine-X3_B+1,00_A-12,00.pdb , seria bastante sensato decompor entradas como esta:
foo_bar_A+00,00.pdb
^ ^ field separators
^ first field starts here
^ third field starts here
^ the number starts here: field 3, character 2
e para classificar (por exemplo) de acordo com o primeiro campo, depois por esses números, assim:
sort -t '_' -k 1,1 -k 3.2g
(Compare esta resposta ).
Local
O local especificado pelo ambiente afeta a ordem de classificação. Pode-se encontrar conselhos para definir LC_ALL=C apenas no caso. Isso pode ou não ser o que você quer, dependendo se você quer tratar a última vírgula ( , ) como um separador decimal ou não (bem, você tem ,00 em cada entrada, então não deveria importar mas importa em geral).
Se você precisar alterar a localidade apenas para uma chamada específica de sort , esta é a maneira:
LC_ALL=C sort …
Armadilhas em várias abordagens
Isso é o que você tentou:
for i in $(ls *.pdb | sort -V); do echo $i; done
O comando é extremamente complicado, a parte interna faz basicamente o mesmo trabalho:
ls *.pdb | sort -V
Analisando a saída de ls não é uma boa ideia , embora seus nomes de arquivos de exemplo sejam bastante seguros, então você deve longe com isso. Note que você não precisa de ls :
for i in *.pdb; do echo "$i"; done | sort …
O problema com ls *.pdb é que você pode acertar o erro argument list too long (bem, não no seu exemplo, mas novamente: em geral). A sintaxe for i in *.pdb; … está imune.
Seus nomes de exemplo parecem seguros para serem usados com echo ( veja o problema geral com echo ). Eles não contêm caracteres especiais, então você não precisa de find … -print0 nem sort -z … etc.