Eu criei um script bash para renomear todos os arquivos numericamente ( aqui ).
EII=1
for i in $(ls *.jpg)
do
NEWNAME=IMG_'printf "%3d" $EII'.JPG
mv $i $NEWNAME
EII='expr $EII + 1'
done
Então eu poderia aplicar
avconv -r 10 -i IMG_%3d.jpg test.avi