O que funcionou para eu sair dessas janelas foi clicar nelas e apertar qualquer botão. Eu não sei porque isso funciona. (Talvez isso dê foco à janela para que ela realmente responda a eventos? Idk.) Mas depois que eu fiz isso, a janela respondeu a todas as ações anteriores e se eu tivesse clicado no "X" antes, ele fechava. (E se eu não tivesse, clicando no "X", então trabalhei.