Não está claro o que você deseja alcançar. Você deve concluir sua pergunta com uma explicação clara do que deseja, um exemplo mínimo de seu código (sem comentários desnecessários e código irrelevante) e com a saída esperada para a entrada que você apresenta. Se é apenas sobre a remoção de 0x
no arquivo, isso é suficiente:
perl -wple's/0x//g' input.file