Eu prefiro o VMD ( link ). Você terá que preencher algumas informações de licença para fazer o download, mas sua interface gráfica do usuário é fácil de usar e você tem mais controle sobre todos os átomos e suas propriedades.
Você precisará carregar as coordenadas da molécula e depois alterar a representação.
(Se você não quiser passar por todo o processo de download / instalação, considere o Rasmol - link )