Como apontado pelo @iTechieGamer, uma tarefa do agendador de tarefas resolve o problema:
schtasks /create /sc onlogon /tn MySoftware /rl highest /tr "C:\Program Files\MySoftware\launchit.bat"
(isso precisa ser feito com cmd.exe lançado como admin!)
com este launchit.bat
:
cd "C:\Program Files\MySoftware\"
start /realtime mysoftware.exe