O Gnu diff
requer a capacidade de carregar os arquivos de entrada na RAM.
De acordo com esta questão , bdiff
está disponível como parte da ferramenta heirloom toolchest e não requer a leitura dos arquivos na RAM. Você terá que compilar você mesmo, pois não parece estar disponível na maioria das distribuições Linux.
Outras questões sobre arquivos CSV e arquivos grandes tem soluções alternativas, mas nenhuma delas parece fazer o que você quer.