Use o modo de patch para evitar conflitos. Por exemplo:
git pull origin master #pull from master
git checkout -p origin/bug1 #patch bug1 branch
git checkout -p origin/bug2 #patch bug2 branch
git checkout -b myMerge #rename branch
git commit -m "Patched diffs from branches bug1 and bug2"
git push
Referências
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Modo Patch do Git em todo o caminho
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O Tidier se compromete a usar o Git - patch · Blog de engenharia da InVision