O Gnome tem seu próprio conjunto de variáveis onde você pode configurar o proxy. Você pode ler em alguns lugares onde você precisa configurar o proxy aqui .
Seu problema específico deve ser corrigido usando este código em um shell:
gsettings set org.gnome.system.proxy mode 'manual'
gsettings set org.gnome.system.proxy.http host 'yourproxy'
gsettings set org.gnome.system.proxy.http port 8080
gsettings set org.gnome.system.proxy.ftp host 'yourproxy'
gsettings set org.gnome.system.proxy.ftp port 8080
gsettings set org.gnome.system.proxy.https host 'yourproxy'
gsettings set org.gnome.system.proxy.https port 8080
gsettings set org.gnome.system.proxy ignore-hosts "['localhost', '127.0.0.0/8', '*.localdomain.com' ]"