Eu acho que o gedit seria perfeito. Está no Ubuntu por padrão, é fácil de usar e pode ser estendido com plugins.
Dito isto, uma vez que o notepad ++ é baseado em scintilla, scite provavelmente vale a pena conferir. Scite também é baseado em scintilla, embora, como aponta fred.bear, possa ser menos rico em recursos do que você precisa.
Aqui estão mais alguns:
jEdit
jedit - Um editor baseado em plugins para programadores
jEdit is a powerful open source editor [...] unlimited undos/redos, syntax highlighting for more than 130 file formats, markers for fast and easy navigation, online help, bracket matching for programming languages as well as auto-indent. Plugins can be downloaded and installed from within jEdit using the "plugin manager" feature.
vim/gvim/creme
gvimou