Abra as configurações da máquina virtual, verifique a ordem de inicialização (na guia "Sistema") e verifique se há um CD ao vivo ou um disco virtual inicializável (na guia "Armazenamento").
É provável que você tenha usado um Live CD, que foi ejetado do drive virtual no desligamento (como normalmente faria em um hardware real).
A mensagem não tem nada a ver com as montagens, que são redefinidas quando o Linux é desligado.