Eu tentaria executá-lo a partir do terminal do vim enquanto o arquivo incorreto está sendo aberto
:set fileencodings=ucs-bom,utf-8,sjis
e se isso não funcionar, você deve encontrar o que precisa aqui Codificação de idioma do Manual do Usuário Vim
O que acontece se você executar o vim a partir do terminal e não do gvim?