Editar:
Infelizmente, o dpkg ou o apt não mantêm um registro de quais pacotes foram instalados / removidos e quando, até onde eu sei. O melhor tiro aqui é olhar através da sua .bash_history e tentar encontrar o que você modificou. (Você sabe que dpkg -l mostrará todos os pacotes que estão instalados configurados etc., certo?)
Para limpar corretamente um pacote, use:
apt-get remove --purge <package>
Para reconfigurar todos os pacotes em seu sistema, use o seguinte comando (como root):
dpkg -l | cut -d " " -f3 | xargs dpkg-reconfigure
Esteja ciente de que isso possivelmente levará algum tempo.
Essas ferramentas são capazes de obter muita configuração "resetada", mas são incapazes de mágica. Se você estragou seu sistema muito mal, a melhor solução às vezes é fazer o backup de tudo e reinstalar.
Você pode usar dpkg-reconfigure <package-name> para "redefinir" a maioria dos pacotes para seus padrões; mas ninguém sabe o que você instalou com a instalação principal de seus sistemas, exceto você.
Você poderia procurar por quais pacotes uma instalação "padrão" coloca em sua máquina e remover todo o resto, mas, novamente, não podemos saber o que você instalou com a instalação básica do seu sistema.