Você pode salvar duas versões do site como PDF - uma com margens de um tamanho e outra com as outras margens de tamanho.
Salve-os com diferentes nomes identificáveis.
Em seguida, imprima as páginas pares da margem de tamanho único e, em seguida, imprima as páginas ímpares das outras margens de tamanho.
Eu sei que alguns navegadores (como o Chrome) permitem que você altere o tamanho da margem ao "imprimir" em pdf.