Não estou exatamente na mesma situação que você, mas espero que minha resposta aponte para o que você precisa.
Em vez de usar pbuilder , estou usando vários chroots para criar pacotes em amd64 e i386 . Eu gero o .dsc fora dos chroots usando debuild -S , depois copio os arquivos apropriados para os chroots. Não é a melhor maneira de fazer isso, eu percebo.
Dentro do primeiro chroot eu corro dpkg-buildpackage -b para construir os pacotes binários. No segundo chroot eu corro dpkg-buildpackage -B , para apenas construir os pacotes dependentes da arquitetura - ou seja, aqueles que não são duplicados.
Quando eu uso reprepro para enviar os pacotes para o repositório, os .debs do primeiro chroot (i386) com o destino "all" são copiados para todas as arquiteturas, assim como o i386 debs sendo copiado para i386 . Quando eu envio os pacotes do segundo chroot (amd64), os debs dependentes da arquitetura restantes ou amd64 são copiados.