O Ubuntu (o CD stock) nunca ofereceu uma opção para instalar diferentes desktops no instalador, você toma essa decisão selecionando Ubuntu, ou Kubuntu, ou Xubuntu, etc.
O Unity será o desktop padrão se seu hardware for compatível com ele . Se o seu hardware não suporta Unity, você terá a mesma área de trabalho que você tem hoje, o GNOME 2.x., que está disponível como o "Ubuntu Classic Desktop" na tela de login. Os usuários também podem fazer login na sessão clássica, se preferirem a área de trabalho GNOME mais antiga.
Para aqueles que perguntam se o Ubuntu terá alguma opção no instalador para que as pessoas escolham o desktop que quiserem, então não, isso não estará disponível no desktop cd padrão. É claro que você pode usar o instalador alternativo para pré-configurar sua instalação com a área de trabalho que você quer ou ter um kickstart personalizado ou o que for.
Se alguém fizesse um derivativo comunitário com o GNOME Shell (ou um que deixasse o usuário escolher), então você pode encontrar informações sobre como fazer que aqui .