Eu tive o mesmo problema que você e resolvi alterando o arquivo ~ / .Xmodmap para aquele fornecido por dfacto . Não é perfeito (as teclas alt e super são trocadas por padrão, e muda o trackpad para rolagem "natural"), mas pelo menos você tem uma superchave. Eu acho que entendendo como o Xmodmap funciona, isso pode ser resolvido.