Sua pergunta não tem nada a ver com o WinSCP. É tudo sobre o sistema remoto e seu sistema de arquivos.
Na maioria dos sistemas, a hora de modificação de um diretório é a última vez, quando o diretório é alterado. E "diretório" é uma lista de arquivos. Portanto, o registro de data e hora mostra a hora em que a lista foi alterada na última vez. Ou seja a última vez que você adicionou / removeu / renomeou um arquivo.
Então, eu nem acho que você esteja correto aqui:
When
File_C
is changed, theFolder_B
also updates its "changed" record.
Uma alteração em um arquivo não altera nada em relação ao diretório pai. A menos que você esteja usando algum sistema incomum.
Não há praticamente nada que você possa fazer sobre isso. Exceto pelo desenvolvimento de um serviço no servidor que atualizaria os timestamps da maneira que você quiser.