Na verdade, o Unity funciona melhor com o Nouveau (o driver Nvidia de código aberto) do que com o driver restrito. Infelizmente, os jogos não (se eles são executados em todos). O motivo é complexo. As otimizações usadas para os sistemas de janelas são diferentes das otimizações usadas para jogos e, por isso, geralmente os desenvolvedores escolhem um ou outro.
Unity, e sistemas de janelas em geral, não precisam de uma placa gráfica particularmente poderosa. Eles não precisam de centenas de shaders como jogos. Em vez disso, eles precisam que um subconjunto de operações muito específico seja o mais rápido possível.
Os jogos são tipicamente proprietários e escritos para o Windows, onde apenas o driver proprietário está disponível. Portanto, os desenvolvedores de jogos visam esse driver. Como resultado, o driver proprietário é comumente usado por gamers, e a Nvidia o otimiza para tornar os jogos mais rápidos.
Por outro lado, Unity e Nouveau e Intel são de código aberto. O Unity tem como alvo os drivers de código-fonte aberto porque é mais fácil corrigir seus bugs e porque eles não precisam ser executados em outro sistema operacional. Os drivers de código aberto não são muito usados pelos jogadores e, portanto, não são otimizados para jogos (e, portanto, os jogadores não os usam ... e assim por diante).
Quanto ao que você pode fazer para corrigi-lo: não muito infelizmente. Não usar o Compiz é a única coisa que parece fazer a diferença, mas isso também significa não usar o Unity, e a diferença não é tão grande assim.
(Se você realmente está vendo uma quantidade enorme de atraso, e não apenas um pequeno aborrecimento, então você tem um problema real com o seu sistema.)