Posso confirmar que isso também acontece na minha área de trabalho. A única solução que encontrei até agora é excluir todos os seus arquivos de configuração de usuário (.compiz /, .gconf / e talvez alguns .config / subdirs), o que é muito chato porque você perde todas as suas configurações e precisa começar tudo de novo. Isso pode afetar a configuração de outros aplicativos também ...
Parei de usar a ferramenta de ajuste de unidade porque ela leva a que o Unity caia aleatoriamente o tempo todo. E é uma pena, porque o Unity oferece muito pouca personalização por si só.
Existem alguns relatos de bugs relacionados a este problema, mas ninguém parece estar fazendo nada sobre isso: