Você pode ter removido o aplicativo, mas não limpou suas agendas. O serviço de back-end ainda é usado pelo restante do sistema, para contatos e calendário.
Se você remover o arquivo ~/.local/share/evolution/calendar/system/calendar.ics
e o diretório ~/.cache/evolution/calendar/
do usuário, sair, aguardar alguns segundos e fazer login novamente, não deverá mais receber notificações sobre eventos antigos da agenda no local calendário que você estava usando no Evolution.