Primeiro, use o seguinte comando para obter o ID do processo principal no contêiner:
$ docker inspect -f '{{.State.Pid}}' <container id>
Depois de obter os IDs do processo, você poderá excluir esses IDs do processo da saída do ps. Um exemplo está abaixo:
$ docker inspect -f '{{.State.Pid}}' portainer
5580
Exclua uma linha com 5580
da saída de ps
$ ps aux | grep -v 5580
Você pode criar facilmente um script para percorrer seus contêineres em execução.