Sugestão: você deve usar esta regra para impedir o bloqueio de conexões em andamento:
-A INPUT -m conntrack --ctstate RELATED,ESTABLISHED -j ACCEPT
-A INPUT -p tcp -m tcp --tcp-flags RST RST -m limit --limit 2/sec --limit-burst 2 -j ACCEPT
-A INPUT -p tcp -m conntrack --ctstate NEW -m limit --limit 60/sec --limit-burst 20 -j ACCEPT
-A INPUT -p tcp -m tcp --tcp-flags RST RST -j DROP
-A INPUT -p tcp -m conntrack --ctstate NEW -j DROP
Agora, todo o tráfego correspondente que não for aceito pela primeira regra será descartado.