Você tentou isso para ver quais coisas do Linux estão acessíveis no Windows? Pela minha experiência, o Windows não mostrará as unidades no Gerenciador de Arquivos por padrão. O Stock Windows não pode ler sistemas de arquivos Ext. Sua única preocupação seria um usuário, com privilégios de administrador, instalando algo como Ext2Fsd. Isso não conseguiria esconder o volume completamente, pois ainda seria visível no Disk Manager para aqueles astuciosos o suficiente para encontrá-lo.
Uma solução diferente seria instalar o Ubuntu em uma unidade removível. Com uma unidade externa de tamanho adequado, a simples remoção permitiria que o Windows tivesse acesso somente quando você quiser (como o proprietário da unidade). Se as portas USB 3.0 estiverem disponíveis, você deverá ser capaz de obter desempenho gerenciável a partir desse método (definitivamente mais do que uma VM). Algumas placas-mãe têm a opção de selecionar o dispositivo de inicialização na inicialização, o que tornaria a inicialização no Ubuntu fácil e totalmente invisível sem a unidade externa. A criptografia de disco completo pode ser usada para proteger ainda mais as partições raiz / home na unidade externa contra invasões por meio de outra máquina.
EDITAR: Uma consideração adicional: Sua milhagem pode variar em mídia externa baseada em flash (por exemplo, SSD). Consulte esta pergunta sobre por que as partições swap podem reduzir a vida útil de um SSD. Eu não recomendaria rodar sem uma partição swap em um sistema com RAM limitada. Você poderia adicionar uma partição de troca na unidade interna e configurar o Ubuntu para trocá-la na inicialização. Isso seria mais acessível ao Gerenciador de Disco do Windows, mas exigiria algumas habilidades forenses para coletar dados úteis. Geralmente, é debatido quanto a troca pode afetar a vida de um SSD.