Se o que você tem é uma "seleção flutuante", você pode criar uma camada simples com Layer>To new layer
(ou Ctrl-shift-N).
Você tem uma seleção flutuante porque houve uma seleção quando você iniciou a ferramenta. Se não houver seleção, o comportamento será diferente, a camada inicial será transformada e nenhuma seleção flutuante será criada. Esse comportamento (comum a todas as ferramentas de transformação) é o AFAIK, o único caso em que "nenhuma seleção" e "seleção completa" têm resultados diferentes.