Você não quer a opção -q
, pois é isso que está gerando sua lista de arquivos que são diferentes.
Algo como
diff -Naur /path/to/original /path/to/changed
Deve gerar o que você deseja. Se isso acontecer, simplesmente redirecione a saída para um arquivo a ser usado como um patch.
diff -Naur /path/to/original /path/to/changed > /path/to/my_changes.patch