Você precisa atualizar o BCD para apontar para sua nova instalação do Windows.
Naturalmente, como agora você tem duas partições reservadas do sistema Windows, você também tem dois BCDs distintos, portanto, é necessário atualizar os dois.
Para o BCD no novo disco 3, a maneira mais fácil é desconectar temporariamente o disco 0, inicializar a máquina do disco 3 pela ferramenta de reparo do Windows e permitir que ela execute uma reparação que adicionará a nova instalação do Windows. Se ele não apagar a configuração anterior (não tenho certeza), você terá uma configuração multi-inicialização ao usar esse BCD ao conectar o disco 0, desde que você esteja usando o BCD , isto é, iniciando o Windows Gerenciador de inicialização no disco 3.
Para o BCD no antigo disco 0, você precisa iniciar o Gerenciador de Inicialização do Windows a partir do disco 0, iniciar a reparação usando a linha de comando e usar BootRec
com / ScanOS para descobrir sua nova versão do Windows.