Eu tenho uma unidade flash com uma partição ESP (e grub, mas isso não é relevante, creio eu) e partição de dados. O Linux se comporta corretamente, ou seja, ele abre automaticamente a partição de dados, mas deixa a partição EFI desmontada, a menos que eu a monte manualmente.
Por outro lado, o Windows sempre abre a partição EFI. Eu tentei com GPT (parte guia C12A7328-F81F-11D2-BA4B-00A0C93EC93B) e com MBR (part guid EF).
Existe alguma maneira de dizer ao Windows: não, não abra essa partição? Não me refiro a dizer ao Windows em particular, mas sim como formatar a unidade flash USB para informar a qualquer computador com qualquer Windows: não abra automaticamente essa partição.