Faça backup desse arquivo.
sudo cp /etc/apt/apt.conf /etc/apt/apt.conf.bak
Você pode tentar editar o arquivo:
sudo gedit /etc/apt/apt.conf
Adicione linhas como:
-
Para proxy sem autenticação.
Acquire::http::proxy "http://proxy_server:port/";
-
Para proxy com autenticação .
Acquire::http::proxy "http://username:password@proxy_server:port/";
Mesmo caminho para outros protocolos como ftp, https etc.
Em seguida, execute
sudo apt-get update.
Espero que isso ajude.