Você mencionou o Malwarebytes, que será expandido para o Malwarebytes Antimalware. Recentemente, tive um problema semelhante ao seu, em que pude observar o uso de memória ativa subir como um foguete, sem qualquer processo atribuído ao uso. Em pouco tempo, o computador travaria.
Por tentativa e erro, matando vários processos, pude determinar que o Malwarebytes se tornou corrupto. Uma remoção e reinstalação não conseguiu resolver o problema. Foi necessário remover o programa, execute o Ccleaner para limpar o registro e reinstalar. Já faz muitos dias sem repetir.
Esta não é necessariamente sua solução, mas é uma possibilidade. Sua linha do tempo corresponde ao meu.