O Windows detecta uma unidade como qualquer sistema operacional - possui um driver integrado que examina as interfaces SATA (ou qualquer outra) e as consulta sobre detalhes da unidade. Basicamente, uma unidade é algo que o sistema operacional conhece e o dispositivo fornece detalhes de tamanho apropriados.
Como eu acredito que você está ciente, a unidade é dividida em partições. O sistema operacional lê a unidade bruta e localiza as informações nas partições, que geralmente estão em um padrão conhecido - geralmente MBR ou GPT - que é armazenado em um local conhecido próximo ao início da unidade.
Normalmente, a partição é formatada com um sistema de arquivos - normalmente, os SOs usam os bytes de assinatura associados a um sistema de arquivos para descobrir como montá-lo. (Também é possível definir dicas sobre o tipo de sistema de arquivos na informação da partição - isso pode ser útil para inicializar alguns formatos complexos de partição - como o software RAID, mas nem sempre é preciso e específico)
(Não tenho certeza de onde você tem a ideia de setores inicializáveis - tenho certeza que isso não é correto) embora as informações das partições possam incluir um bit inicializável para indicar se a partição é inicializável - da mesma forma informações para o disco é inicializável pode ser armazenado no primeiro setor. (Esta informação também pode ser armazenada na BIOS em sistemas baseados em GPT mais recentes)