Devido à maneira como os dois sistemas operacionais definem o relógio do hardware. por padrão o ubuntu usa o UTC e o windows localtime.
Então, quando você desligar, o seu relógio de hardware está configurado para dizer "13:00". Quando você inicializa, o Windows vê "13:00" como localtime, portanto, 1 PM, mas o Ubuntu vê isso como UTC e assim converte o tempo de volta do UTC para a hora local.
Você pode consertar isso pedindo ao windows para configurar o clock do hardware com o UTC, ou o Ubuntu para usar o localtime.
para fazer a alteração no Ubuntu, edite edit /etc/default/rcS
e altere
UTC=yes
para não, assim:
# assume that the BIOS clock is set to UTC time (recommended)
UTC=no
Veja: