Eu fiz esta pergunta no IRC (no #launchpad) e recebi a resposta que esperava:
Não, não é possível impedir a criação dessa entrada do changelog. É necessário que ele possa especificar a string de versão de autoconstrução apropriada (aquela que você define na primeira linha do arquivo de receita).
No entanto, suas alterações não devem ser perdidas, apenas colocadas logo após essa entrada.