Tente fazer um ls normal do arquivo afetado, então ls .git/index , ele provavelmente reportará stale NFS file handle , que só pode ser resolvido reiniciando o cliente NFS em aquele computador . (não afetando todo o seu departamento)
Nós vemos handles obsoletos a cada poucas semanas / meses em nosso próprio ambiente de cluster. Eles parecem ser causados pelo servidor NFS e pelo cliente estarem fora de sincronia devido a problemas espúrios de rede, mas nossos administradores não conseguiram defini-lo. Reiniciar o cliente NFS (ou preguiçosamente apenas a máquina inteira, no caso de nós de computação do cluster cortador de cookies) é a única correção de que estamos cientes.