Esse pode ser um ponto de partida para sua pergunta. Você pode colocar uma instrução condicional dentro do comando para executar o campo no Aplicativo de Inicialização. Este comando verificará qual é a sessão atual da área de trabalho e atuará com base nisso. Por exemplo.
if [ "$DESKTOP_SESSION" == "ubuntu" ]; then (echo "Unity"); else (echo "Gnome") ; fi
A condição verifica se é sessão Unity e imprime Unity se true. Caso contrário, ele imprimirá o Gnome.
Você pode substituir os comandos de eco com qualquer comando que você deseja executar ou omitir a outra parte.
Outro exemplo:
if [ "$DESKTOP_SESSION" == "ubuntu" ]; then (shutter); fi
Isso executará o aplicativo Shutter somente no Unity.