Eu tenho todos os meus arquivos pessoais em uma partição ntfs separada e, a cada inicialização, todas as pastas são definidas para somente leitura. Não tem qualquer influência no windows, no entanto, tenho instalado o Ubuntu junto com o windows, e não consigo modificar os arquivos do Ubuntu (não consigo nem chmod, recebo o erro "Read only file system").
Se eu desmarcar o atributo somente leitura nas configurações dos documentos no Windows, eu tenho controle total dos arquivos no Ubuntu, até a próxima vez que eu inicializar no Windows, onde eles são colocados de volta em somente leitura.
Definir o controle total para todos nas permissões do Windows não ajudou.