Algumas considerações ...
Os tamanhos dos arquivos geralmente são restritos (por exemplo: max4GB). Você tentou identificar o limite de tamanho do arquivo?
Existem maneiras de dividir arquivos e compactá-los individualmente. Está dividindo arquivos grandes uma opção para você?
Talvez o arquivo compactado resultante seja muito grande. Com programas como o 7zip, você pode dividir um arquivo compactado em volumes.
PS: nem sempre é verdade que o problema está no cpanel.