Isso não funcionará. As montagens da unidade Time Machine não são um formato de sistema de arquivos padrão. Ele funciona de forma completamente diferente se ele armazena versões de uma alteração nos arquivos. Então, o que você vê no Finder ou na linha de comando não é o sistema de arquivos real.
Portanto, excluir um arquivo em um lugar deixa outras versões dele por aí. É uma péssima idéia tentar manualmente modificar manualmente uma unidade TM via linha de comando. Você pode facilmente corromper a coisa toda.
Se você quiser remover completamente um arquivo da TM com segurança e eficácia, terá que passar pelo aplicativo da TM. Basta encontrar o arquivo que deseja remover completamente no aplicativo da TM e clicar com o botão direito nele. Em seguida, selecione "Completamente Remover". Pode levar algum tempo, já que ele precisa voltar e remover todas as versões desse arquivo.