Até onde eu sei, isso é uma limitação do DBE e o buffer duplo não é possível com o Xinerama
Há uma discussão aqui com um link para o código-fonte
Eu não encontrei nada mais atualizado.
Existe alguma maneira de ativar o buffer duplo ao usar o Xinerama? Parece que não está funcionando porque tudo está piscando (conky, lilyterm, tilda, ...).