Instalar ou desinstalar o VirtualBox não tocará em suas máquinas virtuais. Uma vez feito, você pode ter que "adicionar" de volta, e é isso.
Claro, isso pressupõe que você não os exclua manualmente ou formate o disco em que estão.
Se você quiser fazer backup deles (o que geralmente é uma boa ideia, não apenas para atualizações), você precisa encontrar a localização deles e simplesmente copiar o diretório completo para um local de backup.