Eu também instalaria o Ubuntu em uma partição gpt. Isso é, na verdade, o que eu faço, mas eu não uso o Windows no meu PC, então não posso dar uma resposta específica sobre como fazer isso.
Você pode encontrar muitas informações valiosas neste site:
Outro excelente recurso é o LiveCD do Parted Magic, que inclui o programa de particionamento gdisk gpt.
Boa sorte!