Você precisa configurar o sinalizador de inicialização nessas partições das quais deseja inicializar. Você pode fazer isso do Linux (fdisk / cfdisk) ou do Windows (diskmgmt.msc).
O sinalizador de inicialização das partições está localizado na tabela de partições, que é o primeiro setor da unidade. Certifique-se de ter o sistema em funcionamento nessas partições (partição de inicialização para Windows e GRUB para Linux).