Recebi a confirmação da Intel, eles disseram que esse é o comportamento esperado no S3 quando o sistema é provisionado e a ME WLAN habilitada.
No cenário da WoWLAN, o tráfego da AMT será adicionado como o padrão de ativação e isso ativará a ativação automática (porque o usuário também habilitará o Wake on Lan no gerenciador de dispositivos) mesmo que o usuário faça apenas a ação de logon pela ferramenta AMT WebUI.