O comando converter do Windows é capaz de converter sistemas de arquivos FAT em NTFS de forma não destrutiva. Da mesma forma, fstransform é um utilitário do Linux que é capaz de fazer isso - chamando-o de conversão de sistema de arquivos "in-loco" - de e para mais alguns sistemas de arquivos, incluindo NTFS e Ext3.
Existe algo equivalente que me permita converter uma unidade flash USB FAT32 em exFAT?