O PDF.js é um aplicativo da Web, não um aplicativo compilado, e requer uma estrutura Java e alguns componentes de navegador da Web para funcionar.
Aqui está uma discussão sobre este mesmo tópico para mais pesquisas: link
O Windows oferece uma estrutura que você pode aproveitar para isso, mas seria necessário compilar o PDF.js em um arquivo HTML e renomeá-lo para .hta.
O arquivo HTA ainda chama o Internet Explorer, mas faz isso em uma estrutura mínima que se parece e se comporta mais como um aplicativo comum.
Então você teria que encontrar uma maneira de chamar os PDFs individuais ou teria que haver um navegador de arquivos incluído no produto compilado, e não tenho certeza de como isso funcionaria.