O FFmpeg não suporta o codificador 3GPP HE-AAC que você está usando.
Se você quiser suporte a HE-AAC, precisará de uma compilação de ffmpeg que tenha libfdk_aac , pois o codificador aac padrão suporta apenas AAC-LC. Os Guias de compilação explicam como conseguir isso; As construções estáticas do ffmpeg não têm libfdk_aac por motivos de licenciamento.
O comando equivalente é:
ffmpeg -i <input> -c:a libfdk_aac -profile:a aac_he -b:a 48k output.aac