Peço desculpas desde o início por apenas fornecer uma resposta parcial, mas posso pelo menos dizer que estou usando o Ubuntu 12.04 com um Axiom 49 com sucesso "out of the box" (nenhuma configuração especial necessária). A saída para o lsusb parece a mesma para mim e para você, então não acho que o problema esteja lá.
Estou usando python com pygame para ler em eventos MIDI. (se você estiver interessado eu poderia postar algum código de exemplo, mas você teria que instalar o pygame para usá-lo)
Eu estou supondo que o problema está em algum lugar no JACK ou no Rosegarden, embora eu não os use, então não posso ajudá-los. Espero que restringir a busca a esses componentes, em vez do próprio Ubuntu, seja útil.